Existem dezenas de doenças autoimunes, para se ter uma ideia, segue uma lista:

Alopecia Areata
Anemia hemolítica autoimune
Artrite reumatoide
Cirrose biliar primária
Diabetes tipo 1
Doença de Behçet
Doença celíaca-Enteropatia por glúten
Doença de Reiter tireoidite autoimune
Doença de Graves-HIPERTIREOIDISMO
Doença de Addison
Dermatite herpetiforme
Doença de Crohn
Esclerose múltipla
Espondilite anquilosante
Esclerodermia
Espondilite anquilosante.
Febre familiar do Mediterrâneo
Glomerulonefrite por IGA
Glomerulonefrite membranosa
Granulomatose de Wegener
Hepatite autoimune
Lúpus
Miastenia gravis
Oftalmia simpática
Psoríase
Púrpura trombocitopênica idiopática-(PTI)
Penfigóide bolhoso poliendocrinopatias
Púrpura autoimune
Retocolite ulcerativa
Sarcoidose
Síndrome de Churg-Strauss
Síndrome de Vog-Koyanagi-Harada
Síndrome antifosfolipídica
Síndrome de Guillain-Barré
Síndrome de Goodpasture
Síndrome miastênica de Lambert-Eaton
Síndrome antifosfolipídica autoimune
Tireoidite de Hashimoto- HIPOTIREOIDISMO
Vasculites
Vitiligo

Fonte: https://pt.wikipedia.org/wiki/Autoimunidade#Doen.C3.A7as_autoimunes